Obec Sekule leží v severozápadnej časti Borskej nížiny pri sútoku riek Moravy, Dyje a Myjavy. Rieka Morava tvorí západnú prírodnú hranicu katastrálneho územia Sekúl. Na severe a východe hraničí karaster obce s Borským Svätým Jurom, na juhu s Moravským Svätým Jánom a pri sútoku Myjavy s Moravou na malom úseku s katastrom Kútov. Orograficky patrí Borská nížina do Záhorskej nížiny, ktorá je súčasťou rozsiahlej Viedenskej panvy.
Ráz krajiny v okolí obce je nížinný. Výškové rozpätie terénu je približne 40m. Najnižšiu nadmorskú výšku dosahuje na riečnej nive rieky Moravy – 150m.n.m., najvyššiu neďaleko kaplnky sv.Urbana – 190m.n.m. Terén je len velmi málo členitý.
Geologický podklad tvoria mohutné treťohorné a štvrtohorné sedimenty, pod ktorými sú v hĺbke 4000 až 5000m pochované vrstvy druhohôr. Druhohorné horniny tvorené vápencami a dolomitmi vystupujú na povrch vo vzdialených Malých Karpatoch a Pavlovských kopcoch. Mohutné sedimenty sa ukladali v priebehu mladších treťohôr na dne mora a jazier, ktorými bola zaplavená rozsiahla Viedenská panva. Súčasný ráz krajiny dotvárajú fluviálne a eolitické sedimenty, tvorené štrkmi, piesčitými štrkmi, pieskami a ílami. Štrk, piesok a jemné íly boli vo velkom množstve prinášané tokmi Moravy, Dyje a Myjavy. Jemnejšie častice boli vplyvom silných západných vetrov unášané na východ, kde sa usadzovali v podobe pieskových dún a sprašových vrstiev. Tento proces pokračuje i v súčasnosti.
Na sedimentoch sa vyvinuli pôdy rôznej kvality. Vcelku sú pôdy v tejto oblasti označené za málo úrodné. Úzký pruh pri rieke Morave pokrývajú lužné pôdy porastené lesom. Ďalej od rieky Moravy nachádzame pôdy vyvinuté na naplavených štrkoch a pieskoch s vysokou hladinou spodných vôd. Severne od obce sa tiahne pás viatych pieskov spevnených borovicovými porastmi. Kvalitnejšie pôdy sa vyskytujú vo východnej vyššie položenej časti chotára. Tieto pôdy sa vyznačujú vyšším obsahom ílov a nie sú ovplyvňované vysokou hladinou spodných vôd.
Vegetačné pomery v okolí obce sú v súčasnosti silne zmenené. Prirodzený vegetačný kryt sa zachoval v okolí rieky Moravy v podobe lužného lesa a menších plôch lúk a sčasti na pieskových dunách severne od obce. Lužné lesy sú tvorené mäkkým luhom s prevahou topoľov a vŕb s prímesou javora poľného, jaseňa, osiky, v ktorých je bohato vyvinutá krovitá etáž. Nivné lúky, tvoriace rozsiahle plochy v inundačnej oblasti Moravy boli prevažne premenené na ornú pôdu. Borovicový les severne od obce bol vysadený druhotne na pieskových dunách. Pôvodnú vegetáciu pieskových dún tvoril riedky porast dubov s podrastom vresu. Menšie plochy porastov vresu sa zachovali pri diaľnici. Pre suchšie stanovištia je typickou drevinou agát. Vzácne močiarne spoločenstvá sú zachované v okolí mŕtvých ramien, terénnych zníženín a druhotne sa vyvinuli pozdĺž odvodňovacích kanálov.
Lužné lesy sú najbohatšie na živočíšne druhy. K obyvateľom lužných lesov v okolí Moravy patrí jeleň, srnec, diviak. Pravidelnými hniezdičmi v okolí vôd sú rôzne druhy kačíc, trsteniakov, pernatých dravcov a sov. Vzácnosťou nie je v súčasnosti ani výskyt bobra. Vody rieky Moravy oživujú mnohé druhy rýb.
Západná časť katastra obce je súčasťou Chránenej krajinnej oblasti Záhorie, ktorej správa sídli v Malackách.
Ján Hrbatý
